به گزارش خبرنگار مهر، آبان ماه سال ۱۳۹۱ و در دولت دوم محمود احمدی نژاد بود که با پیگیری‌های فعالان قرآنی، معاونت قرآن و عترت در ساختار سازمانی وزارت فرهنگ و ارشاد اسلامی جای گرفت تا فعالیت‌های قرآنی در افقی بالاتر سیاستگذاری و اجرا گردد.
پس از پایان دوران مسئولیت عبدالهادی فقهی زاده معاونت قرآن و عترت وزارت فرهنگ و ارشاد اسلامی دولت دوازدهم و آغاز به کار دولت شهید آیت الله رئیسی، شنیده‌ها حاکی از آن بود که معاونت قرآن و عترت وزارت ارشاد به کار خود پایان خواهد داد و فعالیت‌های قرآنی ذیل سازمان جامعی برای امور قرآنی کشور دنبال می‌شود. البته این طرح به سرانجام نرسید و با انتصاب علیرضا معاف به معاونت قرآن و عترت، بحث‌ها پیرامون تغییرات ساختاری پایان یافت.
در ابتدای آغاز به کار دولت چهاردهم نیز تعیین تکلیف این معاونت باز مطرح شد و حسین انتظامی معاون توسعه مدیریت و منابع وزارت ارشاد در اول شهریور ماه ۱۴۰۳ در مطلبی با این مطلع که در جهت چابکی و تمرکز و کارآمدی، اصلاحات ساختاری ضروری است، نوشت: «معاونت قرآن به سازمان اوقاف یا سازمان تبلیغات سپرده شود. تکریم قرآن به ایجاد معاونت مستقل نیست. این معاونت در دوره‌ای تأسیس شد که مدیران وقت به دنبال اثبات مکتبی بودن خود بودند! حال آنکه بعضی کارها به رغم ظاهر دینی‌شان، جلوه‌ای از سکولاریسم‌اند! سیاستگذاری در معاونت‌های تخصصی (فرهنگی، هنری، مطبوعاتی و سینمایی) باید به گونه‌ای باشد که روح قرآن و آموزه‌های آن در تولیدات جاری باشد.
با این وجود با انتصاب حجت الاسلام ارباب سلیمانی در هفتم آذر ۱۴۰۳، این بحث‌ها خاتمه یافت. این بار اما گویا قرار است تغییرات نهایی شده و حجت الاسلام ارباب سلیمانی آخرین معاون قرآن و عترت وزارت فرهنگ و ارشاد اسلامی باشد.
شنیده‌های خبرنگار مهر، از یک منبع آگاه در وزارت فرهنگ و ارشاد اسلامی حاکی از آن است که برنامه این وزارتخانه، انحلال معاونت قرآن و عترت و تأسیس و راه اندازی مرکز ملی امور قرآنی کشور است و قرار است فعالیت‌های قرآنی و دینی دولت در آن مرکز پیگیری شود.
گفتنی است این معاونت تاکنون، متولی برگزاری نمایشگاه بین المللی قرآن کریم، جشنواره آیات، کمیسیون توسعه فعالیت‌های تبلیغی و ترویجی قرآن کریم، بیمه فعالان قرآنی و ارائه خدمات به مؤسسات مردم نهاد قرآنی بوده است.